試劑盒里有什么:

試劑盒含量(10個反應(yīng)或25個反應(yīng)):

TGIRT^® -III enzyme, 1 x 10  M l (KTGIRT-10) or 3 x 10  M l (KTGIRT-25)

10XPrimer混合物,50  M l (PM-110)

10 x DTT, 50  M l (D-121)

5x反應(yīng)緩沖區(qū),100  M l (RX-120)

• TGIRT^® -III enzyme ,a  RNA和DNA寡核苷酸的混合 （可退火 形成含有R2RNA/R2R異型基因的  第一個適配器序列 ,  dithiothreitol (DTT) ,以及  反應(yīng)緩沖區(qū) 去執(zhí)行 ^® 照明rnan及sdnaa-seq分析的模板轉(zhuǎn)換應(yīng)。 這個工具包能夠與第一個rna-后續(xù)適配器無縫連接到cDNA的5'端,合成rna模板的cDNA副本。為香港及香港的  DNA寡核苷酸 (單獨(dú)購買)  第二組子適配器序列 必須加到CDNA的3'端  5'微生物/RNA連接酶 (新英格蘭生物學(xué)家;M019或M0319L)在PCR擴(kuò)增之前。

可以做什么實(shí)驗(yàn)？

1.全面的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組分析。8

2.全細(xì)胞、胞外體、血漿和其他無細(xì)胞RNA的RNA序列7，8，15

3.miRNA、tRNA和其他非編碼小RNA的分析1-9，12，15

4.RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP和CRAC用于表征RNA-蛋白質(zhì)相互作用和核糖體圖譜。1，10，115

5.通過高通量測序鑒定RNA堿基修飾。4，5，13，14

6.單鏈DNA-序列16

7.FFPE腫瘤樣本分析(咨詢InGex技術(shù)支持)。

以下是您應(yīng)該使用TGIRT的原因:

比逆轉(zhuǎn)錄病毒逆轉(zhuǎn)錄酶具有更高的熱穩(wěn)定性、持續(xù)能力和保真度，允許從高度結(jié)構(gòu)化和/或高度修飾的RNAs(例如tRNAs)和含有富含GC重復(fù)擴(kuò)增的RNAs進(jìn)行全長、端到端的cDNA合成。1-9，12，15，17
新的端到端模板轉(zhuǎn)換活性，能夠在逆轉(zhuǎn)錄過程中連接RNA-seq或PCR接頭，并且不需要單獨(dú)的拖尾或RNA 3’-接頭連接步驟。1與使用隨機(jī)六聚體引物或使用RNA連接酶進(jìn)行接頭連接的程序相比，這種模板轉(zhuǎn)換活性極大地促進(jìn)了鏈特異性RNA-seq文庫的構(gòu)建，偏差更小。1，7，8
能夠從低至2 ng的RNA輸入中產(chǎn)生全面的圖譜。7，15
從RNA模板到PCR產(chǎn)物的RNA-seq文庫構(gòu)建需要不到5小時(shí)。7，8，15
TGIRT更適合通過tgi rt-模板轉(zhuǎn)換構(gòu)建RNA-seq文庫:

1.全面的鏈特異性轉(zhuǎn)錄組分析。

去核糖的片段化通用人類參考RNA樣品的TGIRT -seq概括了人類轉(zhuǎn)錄物和刺突蛋白的相對豐度，與非鏈特異性TruSeq v2相當(dāng)，且優(yōu)于鏈特異性Tru-Seq v3。TGIRT -seq比TruSeq v3具有更強(qiáng)的鏈特異性，并消除了TruSeq固有的隨機(jī)六聚體引發(fā)的取樣偏差。與TruSeq相比，TGIRT -seq顯示了更均勻的5’至3’基因覆蓋范圍，并識別了更多的剪接點(diǎn)。TGIRT -seq能夠在相同的RNA-seq中同時(shí)分析mrna和lncRNAs，作為結(jié)構(gòu)化的小ncRNAs，包括trna，它們基本上不存在于TruSeq數(shù)據(jù)集。8

2.人類全細(xì)胞、胞外體、血漿和其他細(xì)胞外RNA序列。

快速處理時(shí)間(通過PCR步驟構(gòu)建RNA-seq文庫< 5小時(shí))；需要少量RNA(低ng范圍)；全面的轉(zhuǎn)錄譜，包括mRNAs和lncRNAs以及小ncrna，包括tRNAs、前miRNAs和其他結(jié)構(gòu)化小ncrna的全長閱讀；不需要RNA連接酶；與常規(guī)方法相比，偏差更小，效率更高，鏈特異性更強(qiáng)。7，8，15

3.高度結(jié)構(gòu)化和/或高度修飾的RNA模板的RNA-seq。

更高的熱穩(wěn)定性、持續(xù)加工性和鏈置換使得獲得tRNAs和其他結(jié)構(gòu)化/修飾的小ncRNAs的全長、端到端cDNAs成為可能，這些小ncRNAs對逆轉(zhuǎn)錄病毒RTs.4-9，12-15是不可抵抗的。

4.在諸如RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP、CRAC、核糖體分析等方法中通過TGIRT模板轉(zhuǎn)換構(gòu)建RNA-seq文庫。

快速處理時(shí)間(通過PCR步驟構(gòu)建RNA-seq文庫< 5小時(shí))；需要少量RNA(低ng范圍)；不需要RNA連接酶，操作步驟更少，偏差更小，效率更高。1，10，11

5.人血漿和大腸桿菌基因組DNA的ssDNA序列。

通過直接在DNA鏈的3’端啟動DNA合成，同時(shí)連接DNA-seq銜接子，無需末端修復(fù)、加尾或連接，以更簡單的工作流程捕獲精確的DNA末端。能夠分析核小體定位、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)、DNA甲基化位點(diǎn)和來源組織。

上海牧榮生物科技有限公司

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